您所面临的结婚证上的身份证号与现在的身份证号不一致且女方跑了的情况，可能存在以下特殊情况或例外情形，这些情形会对补证处理造成影响：
1. 女方已被依法宣告失踪或死亡。如果女方失踪已满两年，您可以向人民法院申请宣告女方失踪；如果女方失踪已满四年或因意外事件下落不明满两年，您可以申请宣告女方死亡。若法院作出了宣告失踪或死亡的判决，您持该判决到婚姻登记机关咨询时，婚姻登记机关可能会有相应的特殊补证或处理流程，此时女方是否到场的限制可能会被突破，但具体需以婚姻登记机关的要求为准。
2. 您能提供充分证据证明女方无法到场且婚姻关系真实有效。例如，您能提供女方因重病、监禁等客观原因无法到场的证明，以及公安机关出具的您身份证号变更证明、完整的婚姻登记档案等，部分婚姻登记机关可能会根据实际情况向上级部门请示或研究后，尝试为您办理补领手续，但这种情况较为罕见，各地处理方式也可能不同，会增加补证的不确定性和办理难度。
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在您处理结婚证上的身份证号与现在的身份证号不一致且女方跑了的补证问题时，需避免以下常见的错误操作行为：
1. 伪造女方身份证明或签名：有些当事人可能情急之下想通过伪造女方身份证、户口簿或签名的方式来骗取补领结婚证，这种行为是违法的，一旦被发现，不仅无法补领到结婚证，还可能面临治安处罚，甚至承担刑事责任。
2. 忽视身份证号不一致的问题直接申请补领：身份证号不一致是一个重要的信息瑕疵，若不先向婚姻登记机关说明并提供相关证明（如公安机关出具的身份证号变更证明）来证实前后为同一人，直接申请补领会因材料不符而被驳回，浪费时间和精力。
这些错误操作不仅无法解决问题，还可能带来不必要的麻烦，建议您在专业指导下规范操作，如有需要，可进一步向律师咨询具体应对策略。
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针对您结婚证上的身份证号与现在的身份证号不一致，且女方跑了的情况，补结婚证的法律依据主要涉及《中华人民共和国民法典》和《婚姻登记条例》。
《中华人民共和国民法典》第一千零四十九条规定：“要求结婚的男女双方应当亲自到婚姻登记机关申请结婚登记。符合本法规定的，予以登记，发给结婚证。完成结婚登记，即确立婚姻关系。未办理结婚登记的，应当补办登记。”此条强调了“亲自到婚姻登记机关申请”，表明补办结婚证原则上需要双方当事人到场。
《婚姻登记条例》第十七条规定：“结婚证、离婚证遗失或者损毁的，当事人可以持户口簿、身份证向原办理婚姻登记的机关或者一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领。婚姻登记机关对当事人的婚姻登记档案进行查证，确认属实的，应当为当事人补发结婚证、离婚证。”这里的“当事人”在补办结婚证的语境下，通常理解为双方当事人。您的情况中，身份证号不一致需要先核实身份信息，且女方未到场，婚姻登记机关难以确认婚姻关系现状及女方意愿，故难以直接适用此条进行单方补领。综上，在女方未到场的情况下，直接依据上述规定补领结婚证存在障碍。
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您提到的结婚证上的身份证号与现在的身份证号不一致，且女方跑了，这种情况下补结婚证会比较复杂。结婚证补办通常需要本人到场，但您的情况存在特殊性，以下分情况为您说明：
1. 如果女方能够联系上并愿意配合，双方需携带各自有效的身份证、户口簿（确保与现在身份证信息一致）以及原结婚证（如有），共同到原办理婚姻登记的机关或者一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关申请补领。
2. 若女方无法联系或不愿意配合，仅男方单方申请补领，根据现有规定，婚姻登记机关一般不予办理，因为补办结婚证通常需要双方当事人共同到场确认婚姻关系。
3. 若存在特殊情况（如女方失踪多年已被宣告失踪或死亡），男方需先通过法定程序宣告女方失踪或死亡，之后再持相关法律文书到婚姻登记机关咨询能否单方补领或办理相应手续。

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